Vẫn còn một số vấn đề chưa được giải thích thỏa đáng. Địa điểm này nằm ở giữa một khu vực núi lửa cũ, và các nhà nghiên cứu từng một lần phát hiện sự phun trào khí radon kéo dài bốn giờ. Những nỗ lực nhằm tiến hành xác định niên đại cacbon-14 cho thấy đất ở đây có nhiều phóng xạ cacbon-14 [cần dẫn nguồn].

Nhà địa chất người Nga Vladimir Epifanov và nhà vật lý học thiên thể người Đức Wolfgang Kundt đã cho rằng vụ nổ là một đợt phun trào khí metan từ trong lòng Trái Đất. Một thứ gì đó tương tự như điều đã xảy ra năm 1994 gần làng Cando ở Tây Ban Nha. So sánh với hiện tượng Cando[1][2].

Nhà vật lý người Nga Tiến sĩ Ol'khovatov đã chỉ ra những vấn đề khi giải thích vụ nổ bằng lý thuyết thiên thạch hay sao chổi, và có khuynh hướng cho rằng Tunguska là một sự kiện địa vật lý[3][4].